Historia miasta rozpoczyna się 17 października 1395 roku, kiedy to osada położona przy zamku zbudowanym przez biskupa Henryka III Sorboma uzyskała prawa miejskie. Zasadźcą miasta był Jan z Mokin. Związek suwerena i zwierzchnika Warmii, jakim był biskup Sorbom z historią i teraźniejszością miasta można dostrzec w herbie Biskupca. Przedstawia on zamek, jako gmach o spadzistym dachu z okalającymi go murami, z dwiema wieżami z blankami. Poniżej widoczna jest tarcza, na której przedstawione są obustronne schody. Tarcza ta była herbem rodzinnym biskupa Henryka Sorboma. Między tarczą i zamkiem umieszczony jest kapelusz biskupi - mitra, świadczący o godności biskupiej założyciela miasta. Od zamku biskupiego miasto wzięło swoją nazwę - Bischofsburg.
   U swych początków Biskupiec był małym, ubogim miasteczkiem, otoczonym murami obronnymi z dwiema bramami - Reszelską i Szczycieńską. W środku grodu znajdował się rynek. Główny budynek - ratusz mieścił się w południowo-wschodniej części rynku. Miasto położone było peryferyjnie, z dala od dróg, które przemierzali kupcy oraz od tanich szlaków żeglugowych. Głównym zajęciem mieszkańców oraz głównym źródłem ich dochodów aż do połowy XIX w. była uprawa roli, zwłaszcza lnu oraz hodowla bydła.
   Biskupiec był najmłodszym i zarazem ostatnim z 12 miast Warmii. Jego pierwsi mieszkańcy pochodzili prawdopodobnie z gęściej zaludnionych okolic Barczewa i Reszla.
   Dzieje Biskupca nierozerwalnie związane są z historią Warmii. Miasto wielokrotnie ogarniały epidemie dziesiątkujące ludność, również wielokrotnie w swej historii ulegało spaleniu. W 1414 r. gród poniósł ogromne straty w wyniku wojny "głodowej". Miasto zostało zniszczone i częściowo wyludnione, a następnie zanotowano stopniowy napływ osadników z Mazowsza, który trwał aż do XVII w.       Biskupiec był świadkiem i uczestnikiem rywalizacji Polski z Zakonem Krzyżackim. W wyniku działań wojny trzynastoletniej (1454-1466) całe miasto, wraz z zamkiem i kościołem legło w gruzach. Dla zamku było to wydarzenie nieodwracalne - spalonego nigdy już nie odbudowano.
   Tragiczny los rozbioru Polski nie ominął Biskupca. W wyniku I rozbioru Polski (1772) Warmię wraz z Biskupcem zagarnęły Prusy. Od tego momentu rozpoczęła się historia miasta związana z państwem pruskim, a następnie z Rzeszą Niemiecką.
   XIX w. w historii Biskupca to powrót do doświadczeń wojennych. Miasto znalazło się na trasie rosyjskiej kampanii Napoleona Bonaparte. W okresie od 28 maja do 24 czerwca 1812 roku kwaterowały tu wojska francuskie. W czasie tym miasto poniosło ogromne straty.
   Od połowy XIX w. obserwuje się dynamiczny rozwój miasta, a tym samym początek jego kariery, jako lokalnego centrum administracji. W 1862 r. przeniesiono do Biskupca siedzibę powiatu reszelskiego. Był to istotny czynnik miastotwórczy. Znacznie wzrosła liczba mieszkańców. Spotęgowało to również rozwój infrastruktury miejskiej, m.in. rozbudowano sieć dróg kołowych. W ciągu ostatniego dziesięciolecia XIX w. liczba mieszkańców miasta wzrosła o 1000 osób i wynosiła w 1900 r. 5250 osób.
   Ważniejsze wydarzenia dla miasta i jego mieszkańców z tego okresu to:
rok 1865 - miasto otrzymało stację telegraficzną,
rok 1898 - oddano do eksploatacji stację kolejową,
rok 1899 - uruchomiono prywatny agregat, dzięki czemu na ulicach
     rozbłysło światło,
rok 1901 - ułożono twardą nawierzchnię na chodnikach i głównych ulicach
     miasta,
rok 1909 - miasto otrzymało połączenie kolejowe z Czerwonką, Mrągowem i
     Szczytnem,
rok 1910 - powstała własna elektrownia w Biskupcu,
lata 1912-1913 - miasto otrzymało wodociągi i kanalizację.
  W okresie I wojny światowej Biskupiec nie był bezpośrednio narażony na działania wojenne, za to II wojna światowa przyniosła miastu zniszczenia. Z ważniejszych faktów z czasów II Wojny należy wspomnieć o istnieniu na tym terenie trzech obozów jenieckich: obozu "Anker", znajdującego się między dzisiejszymi ulicami Słowackiego, Ostre Koło i cmentarzem, obozu "Kraks" w pobliżu jeziora Kraks oraz obozu na terenie browaru.
   II Wojna Światowa skończyła się w Biskupcu w lutym 1945 roku. Przedstawiciele polskich władz przybyli do Biskupca już 4 kwietnia 1945 roku. Po zawieruchach wojennych miasto zaczynało budzić się do życia. I tak:
23 lipca 1945 r. - otwarto pierwszą po wojnie szkołę polską,
sierpień 1945 r. - uruchomiono elektrownię miejską,
wrzesień 1945 r. - uruchomiono tartak i młyn,
październik 1945 - uruchomiono wodociągi i kanalizację,
1945 r. - otwarto szpital, który przekształcono później w placówkę     lecznictwa otwartego; również działalność rozpoczęło Państwowe     Przedsiębiorstwo Traktorów i Maszyn Rolniczych, przekształcone w latach
50-tych w Państwowy Ośrodek Maszyn,
1 listopad 1945 - nominację otrzymał pierwszy powojenny Burmistrz -
     Serwilian Rybacki,
6 listopad 1946 r. - otwarto bibliotekę powiatową,
1947 r. - uruchomiono zakład mleczarski,
1947 r. - odbudowano linię kolejową Czerwonka-Mrągowo-Ełk, Biskupiec-
     Szczytno,
1951 r. - powstał Powiatowy Dom Kultury.
  Lata 50-te to dynamiczny rozwój zakładów przemysłowych w Biskupcu. W następnej dekadzie Biskupiec doczekał się awansu administracyjnego.
   W 1962 roku dawny powiat reszelski z siedzibą w Biskupcu został przemianowany na powiat biskupiecki. W wyniku uchwały Wojewódzkiej Rady Narodowej z dnia 6 grudnia 1972 r. w Olsztynie, w Powiecie Biskupiec utworzono 4 gminy: Biskupiec, Bisztynek, Jeziorany i Kolno. Miasto Reszel z nowopowstałą gminą włączono do powiatu kętrzyńskiego.
   W czerwcu 1975 roku, w wyniku reformy administracyjnej, zniesione zostały powiaty i od tego momentu Biskupiec stał się siedzibą Gminy Biskupiec z utworzonym Urzędem Miasta i Gminy. Lata 80-te to przede wszystkim rozwój bazy lokalowej służby zdrowia.
   W nowym kompleksie Zespołu Opieki Zdrowotnej otwarto nową Przychodnię Rejonową i Pogotowie Ratunkowe, a także nowe oddziały szpitalne. Lata 90-te to nowa rzeczywistość w historii Biskupca. W wyniku reformy samorządowej, Biskupiec stał się siedzibą gminnych władz samorządowych.